內設9個機關部室：辦公室（網絡工作部）、組織人事部、宣傳教育部、權益保障部、勞動和經技工作部、基層工作部、女職工部、財務資產管理部、經費審查委員會辦公室（審計室）；設立3個產業工聯會工委：廈門市市直機關事業工作委員會、廈門市服務業工會聯合會工作委員會、廈門市制造業工會聯合會工作委員會；下屬3家事業單位：市工人文化宮、市職工服務中心和職工對外交流中心（全媒體中心）。

　　廈門市總工會主要職能：

　　（一）堅持中國共產黨的領導，堅定中國特色社會主義道路，貫徹黨的基本理論、基本路線、基本綱領、基本經驗、基本要求，保持和增強政治性、先進性、群眾性，履行引導職工聽黨話、跟黨走的政治責任；貫徹落實市委、市政府的決策部署，貫徹執行上級工會的決定和本級工會代表大會的決議。

　　（二）貫徹落實黨的全心全意依靠工人階級的根本方針，牢牢把握為實現中華民族偉大復興中國夢而奮斗的時代主題，圍繞中心，服務大局，開展群眾性社會主義勞動競賽，組織動員職工積極參加特區建設。

　　（三）堅持以職工為本，積極履行維護職工合法權益的基本職能，依法實現好、維護好、發展好職工利益；做好服務職工、幫扶困難職工工作，加強工會服務窗口和活動陣地建設，參與社會公共服務事務管理，提升服務職工水平；暢通職工訴求表達、矛盾調處、權益維護渠道，推動構建和諧勞動關系，維護職工隊伍穩定。

　　（四）組織和教育職工依照憲法和法律的規定行使民主權利，發揮主人翁的作用，通過各種途徑和形式，參與管理國家事務、經濟和文化事業、社會事務；督促企事業單位依法建立以職工代表大會為基本形式的民主管理制度，落實職工知情權、參與權、表達權和監督權。

　　（五）教育引導職工深入踐行社會主義核心價值觀，樹立正確的世界觀、人生觀、價值觀，追求高尚的職業理想；廣泛宣傳勞模精神、勞動精神和工匠精神，弘揚工人階級偉大品格；引導職工提高技術技能和科學文化素質，建設有理想守信念、懂技術會創新、敢擔當講奉獻的職工隊伍。

　　（六）加強工會組織自身建設，擴大覆蓋面，增強凝聚力，推動工會事業健康發展；堅持深化改革，創新組織體制、管理模式、運行機制和活動方式；突出主責主業，做實做強工會工作品牌，擴大工會組織影響力；加強對勞動關系領域社會組織的政治引領、示范帶動、聯系服務；運用互聯網技術創新和拓展工會工作方式。

　　（七）協助各區區委管理區總工會領導干部，推動各區總工會、產業工會加強領導班子建設；研究制定工會干部的管理制度和培訓規劃，負責鎮街、園區以上工會和大型企事業單位工會領導干部的培訓工作。

　　（八）加強全市工會經費和工會資產的管理、審查、審計工作；制定完善工會經費管理使用規定，對相關政策進行解釋、解讀，指導各級各部門貫徹執行；堅持工會經費服務基層、服務職工的使用方向，收好、管好、用好工會經費；加強全市工會經費使用情況監督檢查，對違反“八不準”要求、設立“小金庫”、違規發放津補貼等問題，及時作出處理；受理群眾反映違規使用工會經費的舉報，并核實處理。

　　（九）協助市委、市政府做好全國、省勞動模范推薦工作和市勞動模范評選工作，做好全國、省五一勞動獎章、五一勞動獎狀和工人先鋒號推薦工作和市五一勞動獎章、五一勞動獎狀和工人先鋒號評選工作；負責歷屆市級以上勞動模范和五一勞動獎章獲得者的管理和服務工作。

　　（十）做好工會對臺工作，發揮兩岸工會民間交流優勢；開展與港澳地區工會的工作交流；加強和發展同友好國家、地區工會的聯系交往。

　　（十一）承辦市委、市政府和上級工會交辦的其他工作。